Он родился в марте 1952 года в Порт-Артуре. Отец военный моряк, мать врач-психиатр.
Вырос в Ленинграде, в 1973 году окончил Высшее политическое училище МВД (специальность офицер-политработник), в 1981-м Военно-политическую академию имени В. И. Ленина (теперь Гуманитарная военная академия) по специальности «Педагогика» и в 1986-м аспирантуру академии. Семь лет служил во внутренних войсках, затем преподавал в родном училище.

В истории страны был миг, когда практически любой человек, если он наделен какими-то талантами, мог попытать счастья на политическом поприще. И Степашин не упустил своего шанса. В ноябре 1989 года он выступил на одном из первых митингов на Дворцовой площади в Ленинграде. Вот тогда на него и обратили внимание. Кандидатом в народные депутаты РСФСР по Красносельскому территориальному округу № 112 его выдвинул коллектив родного училища. В начале 1990 года он — полковник МВД! — выиграл выборы в Ленинграде и стал народным депутатом РСФСР.

В Верховном Совете были и другие военные, но именно он очень быстро возглавил важнейший парламентский комитет по обороне и безопасности, стал членом президиума Верховного Совета и, следовательно, почти каждый день общался с Ельциным. Он твердо поддерживал Ельцина, и Ельцин обратил на него внимание. При этом Степашин замечательно ладил с людьми разных политических взглядов. Это тоже своего рода талант.

После августовского путча 1991 года он возглавлял комиссию по изучению деятельности КГБ. Ее материалы до сих пор не преданы гласности. Тогда были разные точки зрения на будущность госбезопасности. Многие предлагали вообще ликвидировать это опасное ведомство и создать совершенно новую службу из новых людей и на новых принципах.

Степашин поддержал иную точку зрения: КГБ не уничтожать, а расчленить и модернизировать. Фактически он вместе с Бакатиным спас Лубянку. Тогда же он, сохраняя свой пост в парламенте, получил назначение начальником Ленинградского управления госбезопасности.

Владимир Путин рассказывал потом, что ему не понравилось это решение председателя Ленсовета Анатолия Собчака: Степашин — милиционер, к органам безопасности отношения не имел. Но, признал Путин, «Степашин повел себя совершенно неожиданно. Фактически он своим демократическим авторитетом прикрыл спецслужбы Ленинграда».

Сам Сергей Вадимович старался всеми силами показать, что это уже не старый КГБ.

Когда в октябре 1999 года на кладбище поселка Комарово хоронили академика Дмитрия Сергеевича Лихачева, Степашин напомнил журналистам, что он разрешил выдать Лихачеву его личное дело из архива КГБ. Выдающийся ученый, которого многие называли совестью народа, всю жизнь находился под присмотром госбезопасности.

Получив свое личное дело, Лихачев с горечью сказал Степашину:

— Лучше бы вы этого не делали. Я узнал, сколько людей, которых я считал своими друзьями, писали на меня доносы…

Когда осенью 1993 года Ельцин своим указом распустил Верховный Совет, Степашин одним из первых депутатов демонстративно подчинился президентскому указу и сложил с себя парламентские полномочия. В награду он немедленно стал первым заместителем главы Федеральной службы контрразведки. А после увольнения Голушко возглавил госбезопасность.

Потом Сергей Степашин рассказывал Олегу Попцову, руководителю Российского телевидения, что последовало за его назначением:

— Меня принял Коржаков. Мы обсудили кое-какие проблемы. Было ясно, что Коржаков прощупывает меня. Его интересовали масштабы моей послушности. Происходил некий ритуал моего посвящения. Еще до того мне уже грозили пальчиком, смотри, мол, чтоб ни-ни… Я многое знал, но ощущение удушливости, которое мне пришлось испытать при этом разговоре, было явственным и противным.

Степашин провел чистку ведомства, которым президент был недоволен. Переаттестацию не прошел каждый десятый чекист. Численность органов госбезопасности составляла 75 тясяч человек. Зато потом Степашин восстановил утерянные полномочия этой службы, в частности вернул госбезопасности следственный аппарат и в апреле 1995 года добился преобразования контрразведки в Федеральную службу безопасности с куда большими правами и полномочиями.